《子午流注针经》为金代何若愚所著，后经阎明广注释，是现存最早的系统论述"子午流注"针法的专著。子午流注是基于中医"天人合一"的整体观念，将人体气血在十二经脉中的运行规律与一天十二时辰相结合的时间针灸疗法。该理论认为，人体的气血像潮水一样，按照一定的时序在十二经脉中流注盛衰——每个时辰有一条经脉气血最旺，此时针刺该经的穴位效果最好，这本质上就是中医学的"生物钟"理论。

创立了按时取穴的完整针法体系：将十二经脉配属十二时辰——寅时（3-5点）属肺经、卯时（5-7点）属大肠经、辰时（7-9点）属胃经、巳时（9-11点）属脾经、午时（11-13点）属心经、未时（13-15点）属小肠经、申时（15-17点）属膀胱经、酉时（17-19点）属肾经、戌时（19-21点）属心包经、亥时（21-23点）属三焦经、子时（23-1点）属胆经、丑时（1-3点）属肝经。在此基础上发展出"纳甲法"（按日干支推算当天气血流注规律择时取穴）和"纳子法"（根据病症所属脏腑在对应时辰取穴）两种具体操作方法，并配合五输穴（井、荥、输、经、合）的五行生克补泻原则，形成了一套精密的时间-穴位-手法匹配体系。近年来现代时间生物学研究证实，人体确实存在昼夜节律，这为子午流注理论提供了科学佐证。